Los archivos o directorios que no te deja eliminar es porque están en uso, hay muchas aplicaciones que pueden usar archivos que están en Temp, por eso, no se puede afirmar que todo archivo que esté en uso sea un síntoma de infección, lo mismo que una aplicación que se ejecute al inicio del sistema.

Es recomendable tener marcada la casilla de mostrar los archivos y carpetas ocultos, también la de mostrar extensiones de archivo conocidas.

Mientras elimines los archivos infectados no tendrás problemas.
¿De qué virus se trata o cual es el nombre del archivo y dónde están?

Un antivirus hace lo que está escrito en su código, no tiene la capacidad de "razonar" y es posible que detecte un archivo como infectado sin que realmente lo esté.

- Es común: Usa el sistema operativo Windows, usa habitualmente Internet Explorer, no mantiene actualizado el sistema operativo y el reso de aplicaciones, usa aplicaciones P2P, ejecuta archivos sin analizarlos antes con el antivirus o buscar información sobre la "empresa" o "quien" te lo haya envíado.

- No es común: Usando Linux si usas Windows y no haces lo de arriba, te aseguras que lo que ejeuctas sea y provenga de una fuente segura, no usar Internet Explorer, configuras correctamente las aplicaciones, etc...

Piensa que también depende mucho de la persona que use el ordenador, ella puede hacer que todo el software que hay instalado sea inútil para protegerla frente a éste tipo de problematicas.

Es cierto que el Spyware y Adware, al igual que los virus es uno de los problemas que más aumentan y sobretodo que más quebraderos de cabeza genera.