Hola

Por cierto que no ve que uses ningún antivirus, te recomiendo el Bitdefender Freee Edition.

Sobre los archivos que no encuentras, bueno, si no los encuentras, no los borres.

Te recomiendo que hagas un par más de chequeos en tu sistema usando un par de los análisis antivirus en línea que aquí te repsewnto, Te recomiendo el de kaspersky y el de trendmicro, si encuentran algo que no puedan eliminar, nos pegas el reporte.

Cuéntanos como va el sistema.

Felicidad